Quanto a esta actividade, sugiro a utilização dos seguintes recursos:
1) Plugin MoleculeImporter para o Trimble Sketchup. Permite importar ficheiros .mol.
2) http://molview.org para desenho de moléculas e exportação para ficheiros .mol.
3) https://www.ebi.ac.uk para busca de ficheiros .mol já feitos com as moléculas necessárias.